O município instalou-se em terras pertencentes ao sr. Antônio Vieira de Melo, herdeiro de sesmaria doada ao seu pai, que tentou explorá-la desde 1690. Entretanto, os combates ao Quilombo dos Palmares retardaram o povoamento. Somente no fim do século XVIII e início do século XIX iniciou-se a colonização. Uma capela a São Sebastião foi construída no local pelo fazendeiro José das Neves Camelo em fins do século XVIII. Em 1850 iniciou-se a feira na região. Em 1885 foi inaugurada a Estrada de Ferro do São Francisco, consolidando o núcleo de povoamento local.

Segundo a tradição, o nome da cidade provém da existência de dois irmãos. Para diferenciá-los, o mais baixo ficou sendo chamado pelo apelido de Canhotinho e o outro, Canhoto. Para homenagear os seus primeiros moradores, o povoado ficou conhecido como Canhotinho e o rio que corta a cidade recebeu o nome de Canhoto.

Entretanto, o historiador Costa Porto observa uma referência ao rio Canhoto de 1791, por isso o primeiro povoado foi denominado Povoação da Volta (do rio), posteriormente Volta do Canhoto, e em fins do século XIX, Canhotinho.

A freguesia de Canhotinho foi criada pela Lei Provincial de nº 1.706, datada de 1 de julho de 1882. Poucos anos depois sua sede foi elevada à categoria de comarca por Decreto Estadual nº21, de 2 de outubro de 1890 quando foi desmembrado do Município de São Bento do Una.

A sua categoria de cidade foi efetivada a Lei Estadual de nº 607, de 14 de maio de 1903. Constitui-se em município autônomo em 23 de Janeiro de 1893